También incluye disposiciones clave en las que se establecen objetivos individuales en relación con la cuota global de energía procedente de fuentes renovables en el consumo de energía de cada Estado miembro y para alcanzar el objetivo de una cuota del 10% de energías renovables en el transporte.
Los biocarburantes pueden utilizarse para lograr este objetivo, pero tienen que cumplir determinados requisitos de sostenibilidad: no pueden proceder de zonas con un alto grado de biodiversidad, como sería el caso de zonas protegidas o de zonas que contienen grandes reservas de carbono, como zonas forestales o turberas. También deben ahorrar muchas más emisiones de gases de efecto invernadero que los combustibles fósiles.
Contrariamente a lo previsto en la Directiva, la legislación española suspende la aplicación de los criterios de sostenibilidad en España para la consecución del objetivo fijado en el transporte. Además, trata los biocarburantes sostenibles y las materias primas de diferentes orígenes geográficos de forma diferente de manera injustificada.
La Comisión ha abordado problemas similares en los procedimientos de infracción contra Polonia y Portugal.