El partido político portugués de las Personas, Animales y Naturaleza (PAN) preguntó al Gobierno español sobre el estado de la construcción del cementerio nuclear y los posibles efectos transfronterizos. Ante la falta de respuesta del Gobierno, el PAN presentó una denuncia ante la Comisión Económica para Europa (CEPE) el día 26 de enero de 2017 por incumplimiento del convenio de Espoo sobre evaluación de impactos transfronterizos y por el incumplimiento del convenio de Aarhus sobre el acceso a la información, participación del público en la toma de decisiones y acceso a la justicia en materia de medio ambiente. Este convenio, firmado por España, fue adoptado en 1998 y entró en vigor en 2001.
Durante el proceso de autorización del ATI, el Gobierno español no contestó ni a los requerimientos del Gobierno portugués ni a las preguntas del PAN. El Gobierno portugués interpuso una queja ante la Unión Europea, que consiguió forzar un acuerdo entre los dos países y que el primero retirase la queja a cambio de la suspensión de las obras por dos meses.
"Sin embargo -explican desde Ecologistas en Acción-, el PAN no se ha visto sometido a la misma presión internacional y ha mantenido su denuncia ante la CEPE, y este organismo ha entendido que el Gobierno español ha vulnerado los derechos de este partido político y ha mantenido sus actuaciones". Así, y, en concreto, la CEPE ha designado a la comisaria Zdanevich para que se encargue de las actuaciones de respuesta a la denuncia. Esta comisaria ha enviado una serie de preguntas al Gobierno español que el Gobierno debe responder antes del 30 de octubre.
Las preguntas versan sobre la propia central y su futuro, sobre la localización del ATI y sus efectos sobre el ambiente, sobre los parámetros técnicos de la instalación, sobre la actual situación del ATI, cuyas obras avanzan a buen ritmo, y sobre los resultados del estudio de impacto ambiental transfronterizo elaborado por el Ministerio de Agricultura, Pesca, Alimentación e Medio Ambiente. El PAN, al igual que el Movimiento Ibérico Antinuclear, del que forma parte Ecologistas en Acción, denuncia que el ATI está concebido para prolongar el funcionamiento de la central más allá de su vida útil.